بانک ها و موسسات اعتباری برای تاسیس و فعالیت در مناطق آزاد تابع مقررات خاصی می باشند که در چارچوب " آیین نامه اجرایی عملیات پولی و بانکی در مناطق آزاد " تعریف شده است.
این آئین نامه ابتدا در سال 1376 به تصویب کمیسیونی از وزراء رسید ولی در سال 1379 توسط تصویب نامه شماره 2368/ ت 22623 ک مورخ 27 / 2/ 1379 جایگزین گردید.
طبق ماده 4 آیین نامه مزبور ، تاسیس بانک در مناطق آزاد باید با مجوز بانک مرکزی ج . ا ایران صورت گیرد و فعالیت آن ها فقط به صورت شرکت سهامی عام یا خاص با سهام بانام ممکن است.
لذا از هفت نوع شرکت های تجاری مجاز در قانون تجارت فقط یک نوع آن یعنی شرکت سهامی پذیرفته شده است و حتی در قالب شرکت سهامی خاص به صورت سهام بی نام نیز نمی تواند در مناطق آزاد بانک یا موسسه اعتباری تاسیس کرد.
به موجب ماده 8 ، حداقل سرمایه بانک ها و موسسات مذکور ، هنگام تأسیس پنج میلیارد ریال می‌باشد که باید 35% این به صورت نقد نزدیکی از بانکها‌در منطقه تودیع شده باشد بقیه سرمایه باید تعهد شده و حداکثر ظرف سه سال پرداخت شود.
بانک‌های داخلی : حداقل 15 میلیارد ریال که 35% آن باید به صورت نقد نزد یکی از بانک‌ها در منطقه تودیع شود. بقیه سرمایه باید تعهد شده و حداکثر‌ظرف 3 سال پرداخت شود.
مؤسسات داخلی : حداقل 5 میلیارد ریال که 35% آن باید به صورت نقد نزد یکی از بانک‌ها در منطقه تودیع شود. بقیه سرمایه باید تعهد شده و حداکثر‌ظرف 3 سال پرداخت شود.
- شعب بانک‌های داخلی : به تشخیص بانک مادر و متناسب با نیازهای منطقه
- شعب بانک‌های خارجی : حداقل 5 میلیون دلار، که همه آن پرداخت شده باشد.
- مؤسسات خارجی : حداقل 5 میلیون دلار، که همه آن پرداخت شده باشد.
‌وفق ماده 10 ، بانک ها و مؤسسات پس از اخذ مجوز تأسیس (‌موضوع ماده 3 آیین‌نامه) و ثبت در واحد ثبت منطقه می‌توانند فعالیت خود را با رعایت مفاد این‌آیین‌نامه و ارائه مدارک مشروحه زیر به سازمان شروع نمایند.
1- آگهی ثبت در روزنامه رسمی.
2- یک نسخه اساسنامه ثبت شده.
3- اعلام نشانی محل استقرار دفتر مرکزی.
بانک‌ها و مؤسسات می‌توانند با رعایت مفاد آیین‌نامه و دستورالعمل‌های آن و درچهارچوب اصول و مقررات پذیرفته شده بانکداری بین‌المللی به عملیات و‌ارائه خدمات ارزی از قبیل موارد زیر مبادرت کنند:
- برقراری روابط کارگزاری با سایر بانک‌ها.
- انجام کلیه امور مربوط به اعتبار اسنادی، بروات وصولی، ضمانت‌نامه ارزی و حواله‌های ارزی .
- دریافت انواع سپرده‌های ارزی که بانک‌ها و مؤسسات مناطق دریافت می‌کنند باید به یکی از ارزهای معتبر بین‌المللی که فهرست آنها توسط بانک مرکزی‌اعلام می‌شود باشد.
- خرید و فروش ارز به هر شکل.
- انتشار و خرید و فروش اوراق قرضه، مشارکت و سرمایه‌گذاری با تأیید بانک مرکزی.
- انجام معاملات طلا و نقره.
- دریافت انواع تسهیلات اعتباری.
- اعطای انواع تسهیلات اعتباری.
‌ - کارمزد عملیات بانکی، نرخ‌های خرید و فروش ارز، سود سپرده‌های مختلف همچنین سود تسهیلات اعطایی بر اساس شرایط بازار آزاد تعیین می‌شود.
‌ - صرافی‌ها تنها مجاز به خرید و فروش ارز به هر شکل می‌باشند.( تأسیس صرافیها با اخذ مجوز از سازمان امکان‌پذیر است).
- نقل و انتقال وجوه اعم از ارزی یا ریالی توسط صرافی‌ها باید تنها از طریق بانک‌ها و مؤسسات منطقه انجام شود.

    تاسیس شعبه یا نمایندگی

 مقررات مربوط به مناطق آزاد فقط دو حوزه فعالیت اقتصادی را مجاز به تاسیس شعبه در مناطق آزاد توسط شرکت های ایرانی دانسته است که عبارتند از :
الف ) عملیات اعتباری
ب) عملیات بیمه
در ماده 1 آیین نامه اجرایی عملیات پولی و بانکی در مناطق آزاد ، شعبه اینچنین تعریف شده است : " شعبه واحدی از یک بانک یا یک موسسه اصلی در چارچوب قوانین و مقررات منطقه به عملیات مجاز بانکی مبادرت می ورزد ."
و در ماده 4 همان آیین نامه آمده است :
" تاسیس بانک و موسسه و افتتاح شعب بانک ها و موسسات اعم از ایرانی یا خارجی در مناطق موکول به پیشنهاد سازمان و صدور مجوز توسط بانک مرکزی است. "
بنابراین بانک ها و موسسات اعتباری ایرانی می توانند در مناطق آزاد شعبه دایر کنند. همچنین تاصره ماده 5 آیین نامه مزبور، به بانک ها و موسسات اعتباری ایرانی و خارجی اجازه داده است که در مناطق آزاد با اجازه سازمان منطقه دفتر نمایندگی تاسیس کنند ولی این دفاتر نمی توانند عملیات بانکی و تجاری داشته باشند.